Runner Up Aman
Kamis, 21 Juni 2012 – 05:06 WIB
Memasuki babak kedua, Persipura langsung menekan pertahanan Persisam Samarinda dan alhasil di menit 54 Yohanes Tjoe berhasil menggetarkan gawang Persisam lewat umpan tendangan bebas David Laly yang langsung disambar Yohanes Tjoe didepan mulut gawang.
Tertinggal 2-1, Misha Radovic menarik Dias Angga Putra menggantikan Joko Sidik kemudian menarik Yongky Ariwibowo menggantikan Jerri Boima Karpeh. Belum puas dengan hasil 2-1, Gerald Pangkali dkk terus menekan kemudian Ian Louis Kabes akhirnya menambah keunggulan Persipura Jayapura menjadi 3-1 di menit 65 lewat sontekan kerasnya setelah menerima umpan matang Aleberto Goncalves.
Sampai pluit panjang dibunyikan tanda pertandingan babak kedua usai skor kemenangan tetap bagi Persipura Jayapura 3-1. Kemenangan ini sekaligus Persipura Jayapura berhasil mengamankan posisi runner up sementara setelah Persiwa Wamena dikalahkan tuan rumah Persiram Raja Ampat.