70 Tahun Hubungan Indonesia-Australia yang Penuh Kesalahpahaman
"Australia dan Indonesia memiliki pandangan dan minat yang kebetulan sama soal pemikiran strategis di kawasan."
Kekalahan Keating dalam pemilu saat itu terjadi beberapa bulan setelah perjanjian disepakati, diikuti krisis keuangan Asia, penggulingan mantan presiden Suharto, krisis Timor-Leste, dan fokus yang bergeser pada pengaruh China yang meningkat.
Akibatnya hubungan Indonesia dan Australia pun menjadi goyah.
Keterlibatan Australia dalam krisis Timor-Leste 1999 tetap menjadi penanda adanya ketidakpercayaan antara Indonesia dan Australia, termasuk juga masalah-masalah soal keinginan Papua untuk merdeka.
Pada bulan Agustus 2019, ribuan demonstran turun ke jalan dan membakar gedung-gedung pemerintah selama bentrokan mematikan di provinsi Papua dan Papua Barat.
Jakarta tetap teguh dalam pendiriannya bahwa wilayah tersebut telah menjadi bagian dari Indonesia yang bersatu sejak referendum yang didukung oleh PBB. Dengan tegas Jakarta menyatakan konflik terkait Papua dalah masalah dalam negeri.